回答

＜はじめに：　この回答はご相談のあった１９９９年５月に
　　　　　　　すでにご相談者あて回答したものですが、
　　　　　　　当相談コーナーのシステム改善の都合上、
　　　　　　　再度編集して掲示しております。ご了承ください。＞

まず第一に
定期借地権と建築条件付住宅建築とは別問題です。

前者は土地に関してであり、後者は建物に対してです。
次に「建築条件付き建築」は独占禁止法に抵触するので業者にきちんと話した方が良いと思いますが、土地の定期借地権にさらに「建築条件付き建築」が付属しているというのであれば仕方のないことなのかもしれません。

しかしながらこうした例はあまり聞いたことがありません。
基本的には上記の場合は土地についても建物についても
ほとんどが相手の条件を聞きいれなければならないことになりそうですから「妥協しなければならない」ことばかりでしょう。

あなたにはかなりのストレスが溜まり
精神的にも肉体的にも良い結果にはならないような気がします。
それほどの魅力がある土地なのですね?

前述の建て替えによる建築工事費の見積り内容も
細かな仕様まで決まっていて始めて比較の対象になるのであって
ハウスメーカーなどの概算見積もりはどこまでいってもラフと
考えないとならないと思います。
このようなわけで、住宅コストの実勢についての割高率は
なかなか出しにくいのでこの段階ではわかりません。

いずれにしましても
いろいろな条件が付いた内容でもロケーションに
かなりの魅力があるようであればということでの比較でしょう。
建築コストとの比較が前提であり
多少工事費が割高になることでの余裕がおありであれば
まずは設計事務所をお勧めします。
きっと満足がいくお住まいができると思います。