その後体調の方はいかがでしょうか？
かねてよりお尋ねの内容に関して論理的な原因を追求してみましたが図面上での問題点はさしあたり見つかりません。
確かに換気口がかなりたくさん設置されてはおりますがこれが原因とは言いにくいと思います。
特に回転系のモーター音や「ボーボー」というような風切り音も無いようですね。
図面を拝見しましたが確かに思い切ったプランだと思いました。
なぜ、南側に窓が少なく北側に窓が多いのか？
なぜ、南東の一番良いところに浴室があるのか？
また、なぜ、１階の真ん中の部屋でお休みになっているのか？
など、全体的に一般と正反対の生活をされているように感じます。
たしかに、駐車場や自転車置き場の関係や道路位置からすればこの位置の玄関は間違えとは言いにくいのですがそれ以外の間取り構成は建築計画的には残念ながら逆さまです。（図面の方位の書き方が逆なのかもしれませんが・・・）
特に１階の書斎は密閉された部屋となっており外部の音を拾いにくい状態ゆえに「静かな部屋」ではありますが、逆に静かな分だけ「川の流れのような」低周波を床面（地盤）と壁4面から受けやすく西面の換気口が拾う「川の低周波」とあいまって身体に感じる音よりもかなり低周波＝振動音室の環境を作っているような気がします。
あまり良い間取りとはいえませんが気学や方位学や家相などに因果して間取り等に関してはそれなりの経緯があってこのようになっているとは思いますのでこれ以上のことは申し上げられませんが、何らかの改善をと言うのであれば間取りを変える必要があるように思います。
また機械的なファンは無いとのことですが、近隣の工場の機械騒音は回転音が低音（可聴周波数以下）＝振動となって伝播することはありますので、再度換気扇類や近隣周囲を点検していただき、役所などの公害対策課や騒音対策課などにご相談いただくのも一策かと思います。
さらにまた、耳からいろいろな体調不良を訴えられているご様子を踏まえ、前回お尋ねした「バイクや自転車のタイヤの件」ですが、以前突発性の難聴を起こした男の子が後日、内耳膿と診断され、内耳の膿を切開手術したことが頭をよぎります。
彼は毎日の通学にマウンテンバイクに乗っていてこの症状になったそうです。
それは、マウンテンバイクのタイヤはタイヤ面の凹凸が一般の自転車に比べて大きく、悪路走行に対して土をグリップする力を大きく発揮できる作りになっているのでそのタイヤの溝の大きさが走行音としてゴーゴー、ザーザーと言う振動音になり、ブーンと言う音になりながら走り続けます。
それが自転車の前輪からハンドルを介して両手腕に伝播し両肩から両頭部の両耳の鼓膜に影響を与えた結果こうした症状になったそうです。
毎日、気分的にも優れず、耳鳴りのようなものが聞こえたといっておりました。
このように、聴覚も含めて体内的な原因が考えられなければ、あとは建物内や外部からの低周波騒音の疑いはあるかもしれません。
試しに、大き目の水面（洗面器のようなもの）を用意して部屋の中央に置いて、容器の接水面から水面に波が立つかどうか見てみるなどされるのも手かと思います。低周波はほとんど振動ですので、水面をライトなどで反射させ天井に反射した光を観察すると振動しているかどうかの様子は分かります。
が、この場合は体感振動ですのでビビる感触で判断できます。
それから、ご相談にありました「石」の件ですが私にもそれが何なのかがわかりません。
一般に粉が出るようなものは「石」とは言いにくく「粉を固めたもの」と思います。
わけのわからないものは家の中に持ち込まないことが賢明かと思います。
いずれにしましても、今少しご体調の様子をみられて改善が見られないようでしたら実際にお宅にお伺いさせていただいて拝見ならびに体験させていただけましたら何かしらの解決策や原因が分かるかもしれません。
以上となりますが、ご不明点や解決がみられないなど何かお困りごとがございましたら引き続きご相談ください。
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