回答

＜はじめに：　この回答はご相談のあった２０００年１月に
　　　　　　　すでにご相談者あて回答したものですが、
　　　　　　　当相談コーナーのシステム改善の都合上、
　　　　　　　再度編集して掲示しております。ご了承ください。＞

まずはじめに１．に対する回答ですが
お尋ねの工務店の坪単価の見方と
公庫の坪単価の見方の大きな違いは
「どこまでを含んでいるか」で違ってきます。

工務店の場合は直接建築工事費として
・共通仮設工事
・建築工事
・電気設備
・給排水衛生換気
・ガス工事
・換気工事
・諸経費
・消費税
までで坪単価算定しているのに対して

金融公庫の場合には一般的に
上記＋下記を含めて坪単価算定しています。

別途発注建築工事費として
・冷暖房工事
・床暖房工事
・照明器具
・外構工事
・植栽工事
・上記消費税

間接工事費として
・設計監理料
・消費税
・確認申請役所費用
・各種工事契約印紙
・近隣挨拶
・式典
・引越（予算）
・挨拶状・雑費
・家具家電品新規購入
・カーテン・ブラインド
・除湿機
・建築性能保証（１０年）
・火災保険（地震保険付）

（登記費用として）
・表示登記
・保存登記
・抵当権設定登記

（税金として）
・不動産取得税
・固定資産税
・都市計画税

を含みます。
ただし、仮住まい費用は含みません。
以上です。

したがって分母の床面積はいずれも同じですが
分子が工務店と公庫では違いますので
お尋ねの結果となります。

後者（公庫）の見積り内容が入居までに必要な費用ですから
工務店の坪単価に惑わされれば
契約後の出費は馬鹿になりません。
騙されたと思う施主が多いのはこうしたことから始まります。
施主の勉強不足が指摘される結果となります。

ご想像の内容では
可能性３．の内容に近いものがありますが、
あなたの申請費用の認識は違っていると思います。

この申請費用での「確認申請費用」「公庫申請費用」は小額です。
「諸経費」という項目解釈ならわかります。
このあたりの認識からご指導いたしますので個別にご相談ください。

次に２．に対する回答ですが
ホルマリンを使用している建材は表示をするようになりましたが
それでも使用されていることは事実でしょう。無害とは言えません。

床材では無垢材のフローリングはいろいろなものが市販されています。
当社では無垢材しか使っておりませんので
市販の合板フローリング（ホルマリン使用合板フローリング）の単価がわかりません。

参考までに私どもが使っているフローリングは
ナラ材で厚みは１８ｍｍあります。
このフローリングは７５ｍｍ幅ですが
バラバラの長さのフローリングピースです。
これを床全体に貼ることになりますが工賃は高くなるように思われますが
この工賃は木工事の中に入っておりますので特別に見積もりません。
このあたりは専門の見積りテクニックが必要です。

材料は１ｍ２単価で６６００円です。
これに植物性塗料を塗装すると８８００円になります。

それから最近は接着剤も含め
人体への影響が出そうなものは（無害とは言いきれませんが）
現場では少なくなっていると思います。

接着剤に関しては現場で使用する接着剤を工務店さんまたは内装屋さんに
サンプルとして直接取り寄せていただき（無料の範囲で）
ご家族の人体への反応を見ていただいたほうがよろしいかと思います。
商品名などを確認した後でメーカー確認されてはいかがでしょうか？
接着剤で内装坪単価が数百円もアップすることはほとんどありません。