基本的には工事をされた工務店さんと解決していくことが大切と思います。
が、徐々に信用がおけなくなってきてしまったでしょうか？
ご相談内容の床とフローリング間に隙間が生じていることは施工上の問題かと思いますが詳細が不明なため、もう少し詳しい資料や画像をお送りいただきましてこちらで拝見できれば少なからず追求できると思います。
また、どのような構造（骨組み）なのかが図面などで判明すれば構造的な問題ともいえるかもしれませんので資料として図面などもご送付くださいますか。
構造的欠陥というような問題となればかなり大きな改善工事・改修工事・修正工事になります。
建て直しはともかくとして、やり直し工事ということはあり得ると思います。
また、工務店さんのご意見のように木の乾燥による収縮といえないこともありませんが、築後１年半にもかかわらずいくら水分が多い材料を使っていたとしても２～３ｍｍ収縮することはないと思います。
それほど収縮する材料を平気で使っていたとなると逆に問題ありですね。
また、床下地に挟んだ石膏ボードのつぶれなどによる要因とのお考えも無くはありませんがそれほど変形することはありません。
床の構法では現在では珍しい工法となりますが「根太組床構法」の場合、床下に「根太（ネダ）」を梁に欠き込んで載せて釘打ちして床を構成する作り方の場合では、多少の隙間が空く場合がありますが、それでも修正可能です。
直せないことはありません。
できましたら、もう少し詳細な資料を拝見できればと思います。
以上となりますが、ご不明点や解決がみられないなど何かお困りごとがございましたら引き続きご相談ください。
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